ChIP成功指南

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染色质免疫沉淀法（CHIP）

染色质免疫沉淀法(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP)是一种应用广泛的技术，能够检测并相对定量体内单个或多个位点上特异的蛋白质-DNA以及蛋白质之间的相互作用。

ChIP实验包括蛋白质与DNA序列的交联，随后是交联复合物的免疫沉淀，以及通过终点或定量聚合酶链式反应（qPCR）、芯片 （ChIP-chip）或新一代测序（ChIP-seq）对产生的DNA进行分析。

1. 前言

1.1 ChIP在表观遗传学中的应用

1.2 ChIP与组蛋白

2. 实验前的准备

2.1 实验前的准备

3. 样本制备

3.1 使用Medimachine离散组织

3.2 使用Dounce匀浆器离散组织

4. 蛋白质与DNA交联

4.1 稳定蛋白质与DNA的体内结合

4.2 细胞的交联固定

4.3 组织的交联固定

5. 染色质的制备

5.1 酶解法 5.1.1 酶解法 胞核制备 5.1.2 酶解法 染色质消化的预实验 5.1.3 酶解法 染色质消化 5.1.4 酶解法 染色质的浓度分析（建议步骤）

5.2 超声法

5.2.1 超声法 胞核制备 5.2.2 超声法 染色质消化的预实验 5.2.3 超声法 染色质消化 5.2.4 超声法 染色质的浓度分析（建议步骤）

5.3 染色质的制备 实验TIPS

6. 染色质的免疫共沉淀

6.1 使用适当的抗体从染色质提取物中分离蛋白质靶点/DNA复合物

6.2 抗体的选择

6.3 抗体的特异性验证

6.4 染色质与抗体的免疫反应

6.5 共沉淀

6.5.1 微珠类型的选择 6.5.2 琼脂糖珠 6.5.3 磁珠 6.5.4 共沉淀实验TIPS

7. 解交联

7.1 解交联

8. DNA纯化

8.1 DNA纯化

9. 下游分析

9.1 PCR

9.2 qPCR简介 9.2.1 qPCR反应的效率 9.2.2 qPCR操作步骤 9.2.3 qPCR数据分析

9.3 ChIP-Seq

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ChIP实验流程完整版

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试剂准备

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交联固定

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染色质的制备

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