使用GREAT对peak进行功能注释

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GREAT是一款peak区间进行基因注释的工具，除了给出peak对应的基因外，还集成了多种基因的功能分析，网址如下

http://great.stanford.edu/public/html/index.php

目前该在线工具只支持以下几个物种

HumanMouseZebrafish

在使用时，还需要注意对应的基因组版本。用法比较简单，选择对应的基因组版本，然后上传对应的BED格式的peak文件即可，示意如下

结果展示如下，给出了peak关联基因的个数和TSS距离的频数分布柱状图

除此之外，还给出以下多种基因的功能分析

GO Molecular FunctionGO Biological ProcessGO Cellular ComponentMouse PhenotypeHuman PhenotypeDisease OntologyMsigDB Cancer neighborhoodPlacenta DisordersPANTHER PathwayBioCyc PathwayMsigDB PathwayMGI ExpressionMgisDB Perturbation

不同于传统的费舍尔精确检验，功能富集分析的p值是基于二项分布的计算得到的，计算过程如下所示

以GO中MF这一类别的功能注释为例，示意如下

通过GREAT可以方便的对peak关联的基因功能进行探究。

·end·

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原始发表：2019-03-30，如有侵权请联系 [email protected] 删除

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